• 야마구치구미 - 국가공안위원회 지정 주요폭력단 2014년 포춘지에서 야마구치구미 연간 수익이 66억 달러로 전세계 범죄 조직 중 2번째로 큰 수익을 낸다는 기사를 냈다.

    • 고도카이 - 야마구치 구미 산하 최대 파벌이다. 6대 회장 시노다 겐이치가 여기 출신이다. 한국계가 다수파인 산하의 다카야마구미가 고도카이를 넘어 6대 야마구치구미의 중핵으로 자리잡고 있다. 시노다 이후 7대 야마구치구미 조장 후보로 3대 고도카이 회장이자 다카야마구미 2대 조장 출신인 다케우치 데루아키가 가장 유력하다는 평가를 받고있다.

    • 야나가와구미 - 재일교포 양원석이 1958년에 구성해 1969년에 해산한 조직으로 대표적인 구렌타이계열 야쿠자조직이다. 제3대 야마구치구미의 2차단체로, 야마구치구미의 전성기를 여는 데 있어서 행동대장격 역할을 맡았다. 조직의 별칭이 살인 군단일 정도로 무차별적인 폭력성으로 유명했으며 전성기에는 2차단체면서 조직원 수만 1,700명에 달했다.[46] 더 무서운 건 야나가와구미는 1차단체도 아닌 2차단체면서도 1964년 제1차 정상작전 당시 광역폭력단으로 지정된 전력이 있는 유일한 조직이라는 것이다. 야나가와구미가 얼마나 위협적인 존재였는지 알려주는 대표적인 사례라고 할 수 있다.

  • 고베-야마구치 구미 - 국가공안위원회 지정 주요폭력단 야마구치구미 분열사태로 인하여 고베의 야마켄 구미를 중심으로 야마구치구미를 이탈하여 새로운 조직을 창설하였다. 그리고 미국 재무부가 초대 회장 이노우에 구니오에 경제재재를 가했다.#

    • 야마켄구미 - 야마구치 구미 산하 2대 파벌이자 다오카 가즈오의 오른팔이었던 야마모토 겐이치가 만든 조직. 2015년 야마구치 구미 분열 사태를 주도하며 조직을 탈퇴해 새로운 조직 고베-야마구치 구미를 창설하였다.

    • 다쿠미구미 - 5대 야마구치구미의 부두목이었던 다쿠미 마사루가 만든 조직으로 이번 분열사태에서 야마켄구미와 입장을 같이 하였다. 여담으로 다쿠미는 버블시절 금융과 부동산으로 2,000억 엔 정도의 재산을 갖고 있었다고 알려져 있었다. 그 자금력을 배경으로 5대 야마구치구미를 실질적으로 운영했고 야마구치구미의 금고지기라는 별명이 있었다. 한국계로 알려져 있는 현 2대 조장 이리에 다다시는 6대 야마구치구미 소속 당시 샤테이카시라로 실질적 서열3위였으며 탈퇴 후 고베야마구치구미 부조장이 되었다.

  • 임협야마구치구미 - 고베야마구치구미 내에서의 회비를 포함 조직운영에 불만을 느낀 구성원들이 독립해서 나온 조직이다. 현 고베야마구치구미의 두목인 이노우에 구니오의 오른팔이었던 오다 요시노리를 대표로하는 조직으로, 상대적으로 젊은층들이 주축이되고있는것으로 추측되고 있다. 17년에 오다 요시노리를 노린 야마켄 구미의 암살시도가 있었고, 이 과정에서 오다 요시노리의 보디가드가 사망했다.

  • 스미요시카이 - 국가공안위원회 지정 주요폭력단 가장 현대적인 형태의 야쿠자조직으로 알려져 있다.

  • 이나가와카이 - 국가공안위원회 지정 주요폭력단 고다마 요시오의 비호아래 전국적인 조직으로 성장해 현재에 이른다. 현 5대 회장이 재일교포 기요타 지로(신병규)이다. 4대째부터 조직이 분열될 조짐을 보였으나 5대째가 되며 한국계 야쿠자 조직인 야마카와일가가 중핵조직이 되어 조직을 장악한 상태

  • 아이즈코테츠카이 - 여기 4대 회장은 재일인 다카야마 도쿠타로이다.

  • 토우세이카이(토우아카이) - 한국어 발음으로는 동성회. 설립자가 재일교포 마치이 히사유키(정건영). "긴자 호랑이" "맹우(화난소)"라는 별명이 있었다고 하며, 고다마 요시오의 오른팔 격이었던 인물이다.

  • 교세이카이 - 히로시마에 근거를 두고 있는 조직으로 영화 의리없는 전쟁의 덴세이카이의 모델이다.

  • 도진카이 - 큐슈에서 가장 큰 조직으로 두목 승계 문제를 두고 분리해나온 규슈-세이도카이와 큰 전쟁을 치뤘으나 결국 승리하였다.

  • 구도카이 - 기타큐슈를 중심으로 활동하는 조직으로 무투파가 많기로 유명한 규슈 야쿠자들 중에서도 가장 무식할 정도로 무차별적인 폭력을 일삼는 조직이다. 위에서 스미요시카이와 대립한 도진카이와는 다른 규슈의 야쿠자조직인 다이슈카이 구마모토카이와 함께 사사회라는 동맹을 맺고 있다. 민간인에게 테러를 거침없이 저질러대는 조직으로[47] 2000년대에 와서 많은 조직들이 항쟁이나 폭력사건을 자제하고 돈으로 해결을 보는데에 반해 2010년 이후에도 자동소총, 로켓 런처 같은 물건을 들여오거나 야쿠자반대운동 관계자들을 암살하는 등 무식한 짓을 계속하고 있는 조직이다. 이에 따라 개정폭대법에 의해 유일하게 특정위험지정폭력단에도 지정되었다. 2016년 7월 일제 검거를 피해서 한국으로 도피한 재일교포 출신 간부가 필로폰과 일본에서 쓰던 토카레프 권총을 가지고 도망쳤다가 부산에서 검거되었다(日 야쿠자 중간 간부, 부산서 권총 갖고 은신하다 검거 뉴스 영상).

  • 사카우메구미 - 야마구치구미의 입김이 쎈 오사카에서 아즈마구미와 함께 독립조직을 유지하고 있는 바쿠도계 지정폭력단. 3대 조장 마쓰야마 쇼지로 시기에는 다오카 가즈오와 5분(동등한)형제 관계를 맺을 정도의 위세를 가졌으나 2014년 경에는 조직원이 약 40명으로 추정될정도로 세가 상당히 약해져 있다. 1993년 오사카공안위원회에 의해 지정폭력단으로 지정되었고 6대, 7대, 8대 조장이 한국계였으며 특히 7대 가네야마 고자부로(김재학)은 1988년 11월 칠성파 이강환과 6부 4부 사카즈키 의식을 치뤘다. 이 때 축하금으로 동생이 되는 이강환에게 준 1억 엔 사용 문제가 발단이 되어 부두목급 김영찬이 신칠성파를 부두목 천달남이 영도파를 만들어 칠성파에서 갈라져나오게 된다.

  • 고우다 일가 - 시모노세키를 비롯해 야마구치 현 전역에 세력을 갖고 있다. 현 7대 총재가 스에 마코토(김교환)이다.

  • 교쿠도카이 - 일본 최대의 데키야계 폭력단으로 두목이 마쓰야마 마코토(조규화)란 재일이다.

  • 마쓰바카이 - 자민당과의 연계로 세력을 불린 도쿄의 조직. 2009년 5대회장 마키노 구니야스(이춘성)의 은퇴 후 주류파와 반주류파로 대립해 조직이 둘로 분열 되어 있다.

  • 교큐류카이 - 오키나와 유일의 지정폭력단으로 여러번 분열과 항쟁을 거치다 하나의 조직으로 통합되었다. 전쟁 당시 흉폭한 사건이 많아 폭대법이 시행되는 계기가 되었다. 지정폭력단에 속하기는 하지만, 본토 야쿠자들과 여러모로 다른 면모들이 많기 때문에 똑같이 '야쿠자'로 분류하기는 어렵다.

  • 나미카와카이 - 도진카이에 반발해 독립한 규슈세이도카이가 나미카와카이의 전신 조직으로 도진카이와 자동소총과 수류탄 등의 중화기를 동원한 항쟁으로 유명. 가이초 나미카와 마사히로(박정호)는 다카야마 기요시를 능가하는 현역 야쿠자 중 최고의 재력을 가진 것으로 알려져있다. 2016년 3월 29일에 있던 고베 야마구치구미의 관동회합이 그가 소유한 도쿄 다이토쿠 있는 빌딩에서 열리는 등 이번 야마구치구미 분열사태의 향후 행방에 큰 영향을 끼칠 인물로 주목받고 있다.