위에서 말했듯이 노무현이 대비책을 미리 구성해놨기에, 2003년 아시아를 공포에 떨게 했던 사스 발생시에 고건 총리 지휘하에 감염자가 단 3명에 그치면서 효율적인 방역체계를 보여주었고 실제로세계보건기구(WHO)로부터 사스 예방 모범국이란 평가를 받았다. 관련기사1 관련기사2
또한 2004년과 2006년, 두 번의 조류독감 당시에도 비교적 큰 피해가 일어나지 않게 신속하게 행동했다. 기사 참고

노무현의 이러한 사스와 조류독감에 대한 효율적이고 효과적인 대응은 메르스 사태와 2016년 대한민국 AI 유행 당시 컨트롤 타워의 부재, 신속하지 않은 환자 격리 등으로 무능하게 대처했던 박근혜 정부와 크게 대조된다. 물론 박근혜정부는 거의 역대 최악의 정부이므로 참여정부와 비교하는 것 자체가 어찌보면 실례지만 말이다.