노무현 전 대통령이 취임한 지 겨우 1년 만에 이런 기사가 올라오기도 했다. 교육부의 늦장대응도 한몫했다고. 1989년 대학등록금 자율화 이후 등록금은 꾸준히 인상되었으나 참여정부 때 폭이 제일 가파랐다는 점에서 비판을 받기도 한다. 국공립대 57%, 사립대 35.4%로 자율화 이후 최고치다. 출처 이 시절 국립대를 다닌 사람들은 등록금이 저것밖에 안 올랐냐고 의문을 가질 수 있다. 국공립대에는 폴리텍 대학, 농수산대학, 사관학교, 카이스트 등이 포함되는데 그것까지 포함시켜서 산출한 결과다. 등록금 인상률이 물가 상승률을 압도적으로 넘어서면서 등록금 문제는 사회 문제로 떠올랐고, 이에 많은 비판을 받으면서 20대의 지지율을 크게 잃게 되었다. 김진표 교육부 총리의 국립대 등록금을 사립대 수준으로라는 망언은 지금도 그가 출마하는 지역에서 새누리당 계열 인사가 반드시 공격하는 주제다.

하지만 개정된 사학법은 한나라당의 촛불집회 및 국정마비에 의해 지연되었고 나중에는 로스쿨 빅딜에 의해 관철되지 못하였다. 재개정된 이후 등록금은 오히려 덜 올랐다는 점에서 등록금 인상과 사학법 개정은 별 관계없다는 지적이기도 하다. 사학 재단들은 이에 대해 재단의 자율성을 침해하지 말라고 거부하는 태도를 보였고 당시 야당이던 한나라당 역시 사학 재단들과 친화적인 태도를 보이며 적극적으로 반대했다. 결국 사학법 개정, 아니 이 법이 포함된 4대 개혁 입법은 여당과 야당의 끈질긴 합의 끝에 이도 저도 아닌 모양새도 겨우겨우 통과되고, 결국 그다지 큰 효력을 발휘하지 못하게 된다. 이러한 진통 끝에 참여정부는 사학법 개정 추진력 부족으로 진보 세력에게 비판을 받게 되었다