자유한국당 여상규 의원은 "국회선진화법 관련 고소·고발은 순수 정치 문제가 사법으로 둔갑 돼 있는 것"이라며 "원래 정치가 사법에 관여해서는 안 돼 듯 사법도 정치에 관여해서는 안 된다"며 검찰 수사가 부적절하다고 지적했다. 그러자 더불어민주당 표창원 의원은 "이번 국감 내내 여상규 법사위원장이 현재 수사 중인 사건에 대한 압력성 발언을 자주 하고 있다"고 지적했다. 같은 당 이철희 의원도 "소환도 잘 안 되고 하는 것 같은데 (수사외압에) 위축되지 마라"고 검찰에 당부했다. 윤 총장은 "수사 위축 우려가 있지만 걱정 마시고 검찰이 어떤 사건이든 간에 법과 원칙에 따라 엄정하게 수사하고 드러난 대로 결론을 내드리겠다"고 답변했다. 선진화법 위반이 형법상 처벌이 면제되는 '정당행위'인지를 두고서도 여야 의원들은 견해차를 보였다. 여상규 의원은 "위법한 사보임을 통해 신속처리 안건이 가결돼 야당 입장에서는 저항할 수 밖에 없었던 것"이라며 "그 저항은 헌법상 정당방위 내지 정당행위로 책임성까지 조각될 수 있는 긴급피난의 성격을 띠고 있다"고 주장했다. 위법에 저항하기 위해 선진화법을 부득이 위반한 것이기 때문에 처벌할 수 없다는 것이다. 이에 민주당 백혜련 의원은 "특수감금이나 공용물건 손상 등 패스트트랙 충돌은 불법 사보임 문제와 전혀 무관하다"며 "양형 사유에 불과하지 정당행위를 주장할 수는 없다. (이것은) 법률가라면 다 아는 사실"이라고 반박했다.
















검찰개혁 방안 중 하나인 고위공직자비리수사처(공수처) 도입 문제를 두고도 대립했다. 한국당 김도읍 의원은 "저희는 여당일 때도 (공수처 도입을) 반대했다. 공수처는 문재인 대통령의 홍위검찰, 괴물이다"라고 주장했다. 김 의원은 "(검찰이) 나름대로 필요한 부분을 개혁하고 검찰권이 정치적 중립성만 확보되면 국민에게 사랑받는 수사기관이 될 것이고, 검경 수사권 조정을 통해서도 권한이 어느 정도 분산될 것"이라고 말했다. 같은 당 여상규 의원은 검찰이 공수처 관련 의견을 분명히 제시할 것을 요구했다. 여 의원은 "검경 수사권 조정 형사소송법 개정이나 검찰청법 개정도 마찬가지이고 검찰이 의견을 가진 걸 안다. 의견을 국회에 제출해야 한다"며 "(의견을 제출해도) 전혀 검찰이 정치에 관여하는 것도 아니다"라고 했다. 이에 민주당 송기헌 의원은 "공수처장 추천위원회가 7명인데 그중에 야당이 추천한 사람이 2명"이라며 "7명 중 6명이 찬성해야 공수처장을 추천할 수 있기 때문에 대통령이 마음대로 한다는 것은 말이 안 되는 얘기"라고 반박했다. 공수처 도입 문제를 두고 여야 간 논란이 커지자 윤 총장은 "검찰은 전임 총장 시절부터 부패역량이 강화된다면 새로운 부패 대처기구의 설치에 반대하지 않는다는 입장을 가지고 있다"며 "제도를 만드는 과정에서 좀 문제가 될 수 있는 부분들은 좀 잘 다듬어지지 않겠나 기대한다"고 말했다.