하지만 올해부터 선발 심사에서 가점을 받을 수 있는 항목에 '장애인'이 제외돼 논란이 일고 있다. 중기부의 청년창업사관학교 모집공고에 따르면 2020년까지는 장애인, 여성, 특허권자 등에 0.5점의 가점을 부여했다. 그런데 올해부터는 장애인 가점이 폐지되고 여성 등에 대한 가점만 남게 됐다.
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 청년창업사관학교는 과거에도 가점으로 역차별 논란이 제기된 바 있다. 2018년에는 여성에게 3점의 가산점을 부여해 특허권자(0.5점)보다 6배나 높다는 지적이 나왔다. 논란이 커지자 결국 중기부는 다음해부터 여성 가점을 0.5점으로 바꿨다. 또 이전에는 전역 1년 이내로 남은 장교와 부사관 등 현역 군인에게도 0.5점의 가점을 줬지만 2020년부터 폐지하기도 했다.

이에 대해 사업을 시행하는 중진공 관계자는 “장애인의 합격률이 낮고 이 사업 외에도 장애인을 대상으로 하는 창업 사업이 있기 때문에 가점을 폐지했다”고 밝혔다. 
 
소수의 장애인 때문에 운영이 어려워진다는 설명도 나왔다. 중기부 기술창업과 관계자는 “1000명이 들어오면 장애인이 3~5명밖에 되지 않는데, 이들을 위해 인력, 장비 등을 신설해야 하는 운영상의 어려움이 있다”며 “장애인 전용 사업이 많이 신설돼서 가점을 폐지한 것”이라고 말했다. 현역 군인 가점 폐지에 대해서는 “2018년부터 성별영향평가법이 시행돼 이 사업도 여성가족부 평가를 받는데, 여성 비율을 더 높여야 하기 때문에 군인 가점을 폐지했다”고 설명했다.
 
장애인 전용 지원 사업이 신설된 것은 사실이지만 여성 대상 창업 지원 사업도 적지 않다. 중기부에 따르면 현재 여성창업보육센터 지원, 여성창업경진대회, 여성가장 창업자금 지원 등 여성만이 참여할 수 있는 사업이 별도로 시행되고 있다.

전문가들은 별도의 장애인 대상 사업이 있더라도 가점을 폐지한 것은 문제가 있다고 지적한다. 서울사회복지공익법센터의 이상훈 변호사는 “유엔장애인권리위원회에 따르면 장애인을 일반인과 분리하기 보다는 함께 경쟁할 수 있도록 불리한 조건을 서포트하는 것이 국제적으로 권고되는 장애인 지원 방향”이라고 말했다.
 
이 변호사는 또 “장애인 지원자와 합격자가 적다는 것은 오히려 가점 제도를 유지해야 할 이유”라며 “여성 가점은 남기고 장애인 가점을 폐지한 것은 상대적으로 여성에 비해 장애인을 대변하는 목소리가 반영되기 어렵기 때문이 아닌지 우려된다”고 지적했다.