보도에 따르면 일본 정부는 이달 하순 WTO의 분쟁해결기관에서 이번 결정에 대해 항의할 방침이다. 일본 정부는 WTO 상소기구가 한국의 수입 금지 조치에 대해 시비(是非·옳고 그름)를 판단하지 않아 상소기구 본래의 목적인 분쟁 해결에 도움이 되는 판단을 하지 않았다고 주장할 것으로 알려졌다. WTO 상소기구는 지난 11일(현지시간) 일본이 제기한 후쿠시마 수산물 수입금지 조치 제소 사건에서 예상을 깨고 1심 격인 분쟁해결기구(DSB) 패널의 판정을 뒤집어 한국의 조치가 타당한 것으로 판정했다. 상소기구는 한국의 수입금지 조치가 자의적 차별에 해당하지 않으며 부당한 무역 제한도 아니라고 판단했다. 판정이 나온 뒤 일본에선 정부 책임론이 제기됐으며 스가 요시히데(菅義偉) 관방장관은 WTO 개혁의 필요성을 거론한 바 있다.