세월호 관련 의혹들을 남김없이 밝히겠다며 출범한 검찰 세월호 참사 특별수사단이 제기된 여러 의혹에 대부분 무혐의 처분을 한 채 1년 2개월간의 수사 활동을 끝냈다. 유가족들의 고소·고발과 사회적참사특별조사위원회(사참위)의 수사의뢰로 제기된 의혹은 세월호 침몰 원인, 해경의 구조 책임, 진상규명 방해, 증거 조작은폐, 정보기관 사찰 등 17개에 달한다. 특수단은 이 중 해경의 구조 책임, 진상규명 방해 등 사고에 대한 '윗선'의 책임을 규명하는 데 수사의 초점을 맞췄다. 그 결과 해경 지휘부의 책임 방기와 정부 관계자들의 특조위 활동 방해 사실을 확인해 관련자 20명을 재판에 넘겼다. 그러나 선박자동식별장치(AIS) 항적자료 조작, 고(故) 임경빈군 구조 방기, 법무부의 검찰 수사외압, 청와대의 감사원 감사외압, 기무사와 국정원의 세월호 유가족 사찰 등 13개 의혹은 '혐의없음' 처분을 내렸다. 해소되지 않은 의혹 일부는 조만간 출범할 '세월호 특검'이 규명해야 할 과제로 남게 됐다.