엔씨의 인게임 표기 확률이 정확하다는 전제하에 지배석 확률을 계산해 봤습니다.
결론은 제일 아래에

지배석 상자 제작 필요 조각 수
전설상자 - 200개
영웅상자 - 60개
희귀상자 - 10개

지배석 분해시 획득하는 조각 수
전설지배석 - 400개
영웅지배석 - 40개
희귀지배석 - 1개

지배석 획득 확률
<등급>
전설상자 - 전설10%, 영웅90%
영웅상자 - 전설5%, 영웅30%, 희귀65%
희귀상자 - 전설0.1%, 영웅9.9%, 희귀90%
<층>
상자별 지배석 층수 획득 확률은 동일하고 전설/영웅/희귀 또한 일정 함
오만
1 - 12%
2 - 10%
3 - 9.5%
4 - 9%
5 - 8.5%
6 - 8%
7 - 7.5%
8 - 7%
9 - 6.5%
10 - 6%
신념
1 - 4.5%
2 - 4%
3 - 3.5%
4 - 3%
사신 - 1%

상자 제작 후 재분해시 회수되는 지배석조각 확률
전설상자 - 38%
영웅상자 - 54.4%
희귀상자 - 52.6%

전설상자가 효율이 제일 낮고
동일한 조각을 소모했을 때 전설 지배석을 획득할 확률 또한 영웅 상자가 전설 상자보다 높음

조각 3만개로 상자를 제작한다고 했을 때
전설상자 - 전설 15개, 영웅 135개 획득
영웅상자 - 전설 25개, 영웅 150개, 희귀 325개 획득
희귀상자 - 전설 3개, 영웅 297개, 희귀 2700개 획득

- 결론 -
전설상자는 효율이 똥망이니 만들지 말자
전체적인 효율은 영웅상자가 제일 좋지만 희귀상자와 큰 차이는 없다
전설지배석을 얻으려면 영웅상자
영웅지배석을 얻으려면 희귀상자를 만드는게 확률이 높다


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추가로 댓글 스샷을 토대로 합성 효율도 계산해 봤음
(효율은 획득 지배석을 분해했을 때 얻는 조각 수로 계산했습니다)

지배석을 분해 후 상자로 다시 만들었을 때의 효율은 54.4% 로 가정 (영웅상자)

합성 효율
희귀3 - 85.33%
희귀4 - 83.5%
희귀5 - 82.4%
영웅1+희귀2 - 81.95%
영웅2+희귀1 - 79.38%
영웅3 - 71.83%
영웅4 - 67.56%
영웅5 - 65%


다시 결론 내보면
상자 제작은 영웅상자가 제일 효율이 높고
분해 해서 상자 만드는것보다 합성이 효율이 놓으며
합성은 희귀3, 영웅1+희귀2 가 효율이 제일 좋음