'개조'는 벽람항로의 함선 소녀들을 더 강하게 만들어 줄 수 있는 주요 방법 중 하나다. 개조를 진행할 땐 개조 도면이 소모된다. 이 도면은 임무, 시나리오, 출석체크 및 각종 이벤트 등을 통해 획득할 수 있는데, 개조 후엔 함선 소녀의 레어도가 상승한다.

예를 들어 허먼(R)이 개조되면 허먼•改(SR)로 이름이 바뀌며, 개조가 완료되면 함선 소녀의 각 속성이 눈에 띄게 강해진다.

개조의 중요한 점은, 개조된 캐릭터가 능력치가 상승하고 레어도도 상승하지만 연료 소비량은 그대로 라는 점이다. 또한, 개조가 완료되면 새로운 일러스트도 확인할 수 있게 된다.

※ 개조 시스템은 현재 일부 함선 소녀에게만 개방되어 있으며, 본 소개 내용의 각종 용어는 정식 서비스 시 변경될 가능성이 있다.