제 증상은 이렇습니다. 

룬을 수정해도 재접하면 과거의 특정시점으로 돌아가는 것입니다.
룬페이지를 전부 삭제하고 2~3개만 새로 만들어 놓고 재접하면,
삭제했던 룬페이지들이 전부 되살아나 있었습니다.

인게임 상에서 수정이나 저장은 멀쩡하게 되었지만,
일단 재접하면 룬페이지를 삭제했든 수정했든 다 롤백되어 특정시점으로 초기화되어 있었습니다.
문의를 넣은 결과 config 폴더가 문제라는 것을 알아냈고,
이런저런짓을 한 결과 해결법을 발견했습니다.

일반적으로 롤의 개인설정은

드라이브..Riot GamesLeague of LegendsConfig
폴더에 저장이 됩니다.

그 중에서도 룬을 담당하는 파일은 PerksPreferences.yaml 입니다.
자꾸 특정시점으로 룬이 초기화되는 것은, 
롤 클라이언트에서 재접속을 할 때마다 이 파일을 덮어쓰기해서 그렇습니다.
결론부터 이야기하자면, 룬을 수정한 후 이 파일 속성->읽기 전용을 체크해주시면,
재접을 해도 파일 덮어쓰기를 못해 룬이 초기화되지 않습니다.
물론 다시 수정하거나 새로 만들 때는 읽기 전용을 풀어줘야 가능합니다.
혹시 저하고 비슷한 증상이 있는 분들께 도움될까 싶어서 글 남깁니다.