한편, 성공적으로 타소니스를 점령한 저그의 지도자 초월체는 인간이면서도 사념체와 유사한 파장을 내뿜는 유령요원인 사라 케리건에게 흥미를 느끼고 아바투르를 시켜 그녀를 감염시킨다. 그리고 이 번데기를 보호하기 위해 새로운 보모 사념체(플레이어)를 창조하고 번데기를 돌보게한다.

사념체가 공간이동의 충격을 견딜 수 있을 만큼 어느 정도 성장한 뒤, 저그의 본거지인 차 행성을 향해 차원도약을 실시하지만 저그를 좇아 추격해온 프로토스 함대가 이를 막아선다. 하지만 선배 사념체인 다고스의 추적 도살자 무리를 앞세워 손쉽게 프로토스의 저항을 뚫고 번데기와 함께 무사히 차 행성에 도착한다.

차행성에 도착하니 자치령의 듀크 장군이 이끄는 알파 전대가 번데기의 사이오닉 파장을 감지하고 찾아온다. 다고스가 테란의 통신을 도청(?!)한 결과 이들은 번데기를 노리고 있으며, 보모 사념체는 이 '이방인'들을 모조리 전멸시켜 차행성에서 후퇴시킨다.






자치령이 후퇴하고 나니 이번에는 짐 레이너가 이끄는 레이너 특공대가 차행성을 방문한다. 레이너는 번데기에서 부화한 케리건을 보고 소그라치게 놀라지만, 케리건은 현재 이 힘이 마음에 든다며, 옛정을 봐서 레이너를 살려주겠다고 한 뒤 죽이지 않고 떠나보낸다.

한편 자신이 유령이 었던 인간 시절, 자신의 사이오닉 능력을 제어하고 있는 능력 억제 장치에 관한 데이터를 찾고자 테란의 과학선인 아메리고호에 잠입한다. 자츠는 케리건의 독단적인 행보가 군단에게 위험을 불러일으킬거라며 만류하지만 초월체는 오히려 케리건의 적극성을 군단의 귀감으로 삼으라며 전적으로 두둔하게 되고(딸바보) 초월체를 등에 엎은 케리건과 사념체들 간의 반목이 생기기 시작한다. 다고스 또한 투덜대면서도 자신의 정예 병력인 추적 도살자를 대여해준다(여동생바보)





격렬한 저항을 뚫고 마침내 자신의 힘을 제어하는 족쇄를 해제한 케리건은 무사히 과학선을 빠져나왔고, 이미 저그에 오염되어 폭파 임무를 수행하러온 자치령 특공대와 잔존 저그병력 간에 또 다시 격렬한 전투가 벌어지게 된다. 진퇴양난이던 특공대는 결국 과학선을 자침시킨다.

자신의 힘을 개방하여 의기양양해진 케리건은 자신을 추격해온 태사다르의 도발에 넘어가 독단적으로 프로토스와 전투를하게 되고(물론 자츠와 다고스는 당연하게도 말렸지만 초월체 : 냅둬ㅋ 사념체 : 아오) 태사다르의 환영과 싸우면서 자신이 속았다는 것을 알게된다. 케리건의 눈이 태사다르의 환영에 팔려있을 동안 암흑정무관 제라툴이 자츠를 암살한다.

자츠의 가름 무리는 지도자를 잃고 폭주하기 시작했고, 안 그래도 오랜 전투로인해 각 개체 유전자에까지 전투습관이 몸에 밴 베테랑 무리였기에, 다고스는 이 무리를 방치하면 군단의 위협이 될것이라고 판단하고 자신이 프로토스를 막는 사이 케리건을 시켜 가름 무리를 말살하도록 시킨다.



자츠가 죽을때의 충격으로 정신을 잃었던 초월체가 다시 깨어나고, 이 더러운 암살자들에게 일벌백계를 시도하여 탈출하려는 암흑 기사를 모두 잡아 죽인다. 태사다르의 함대는 이 전투에서 괴멸적인 타격을 입게 됬으며, 제라툴이 자츠를 암살할때 서로의 기억이 잠시동안 연결됨에 따라 초월체는 프로토스의 모성, 아이어의 위치를 깨닳게 되었다. 이에 죄책감을 느낀 제라툴은 차행성 인근 테란 건물안으로 은둔하게되고 태사다르 또한 제라툴을 찾아 떠돌던 중 레이너 특공대를 만나 친분을 다지게 된다.






아이어의 위치를 알아닌 초월체는 대대적인 침공을 개시한다. 모든 프로토스의 방어 함대가 원정을 중지하고 모성으로 긴급히 복귀했으나 이미 저그는 아이어 행성을 둘러싸고 침략중인 상황이라 프로토스의 함대는 속수무책으로 각개격파당한다. 초월체는 프로토스의 격렬한 저항을 뚫고 과거 젤나가가 처음 아이어에 첫발을 내딛었던 장소에 카다린 크리스탈을 가져다 놓는다





그리고 그 위로 초월체가 강림하며 아이어 함락의 서막이 시작된다

-3부에서 계속